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南支全真教覆灭后，北支全真教一家独大，被蒙古朝廷赦封掌管天下道教，声威大振。虽后来蒙古贵族开始虔信密宗黄教，全真教逐渐式微，但在底层民众中依然传播甚广，全真道士也依然是不少王公贵族的座上宾。
在民间和贵人之中，全真教的势力虽然有所削减，但基本上还保持着一定的影响力。可在江湖上，全真教的势力却几乎全部瓦解。
元朝是中国历史上第一个非汉族人为主导的王朝，加上蒙古人统治残暴，天下百姓皆对其离心离德。近百年来，一直烽烟不断，各种起义层出不穷。
江湖上的各大门派，虽然没有哪个明目张胆的起兵造反，但也都对其保持敌对态度。因此，对于攀附元庭的全真教，各大门派也都是分外鄙视。全真弟子在江湖上的声望，并不比明教弟子好多少。
虽然有着元庭的支持，全真教不怕各大门派打上门来，但平日里弟子在江湖上走动，却经常被武林各路人士故意找麻烦。
久而久之，全真教在江湖上的行动便逐渐减少，影响力也渐渐减弱。时至今日，江湖上基本已没有全真弟子在走动，一般的江湖人士也少有再提及全真教。当年被称为天下第一大派的全真教，似乎已被江湖中人彻底遗忘。