莉莉丝外的全部使徒正式开始苏醒。存有亚当灵魂的诸熏诞生，并被seele找到。初号机被制造完成，碇唯以牺牲自己的方式把灵魂融进了利用莉莉丝的**复制出的初号机中，在想利用初号机的重要性阻止第三次冲击诞生的同时，作为eva永生下去，向宇宙的其他文明或未来生物证明人类曾经存在过的痕迹。
同时也因此，碇元堂制定出了人类补完计划二号，为再见碇唯一次而努力中……
用亚当的血肉制造的其他号数的eva被提上计划，开始制造。为此，明日香的母亲成了第二位牺牲者，被二号机吞噬了一半的灵魂，发疯。利用莉莉丝的血肉精华混合碇唯残留的lcl物质中提取的信息代码的绫波丽被制造成功，并通过早期的dummysystem系统将莉莉丝的灵魂转移到了绫波丽的体内。
当然，这里的绫波丽是复数的。毕竟使徒的灵魂何等强大？可不是区区一具普通人的身体就能承受的。至于现在嘛，则因为初号机的渐渐觉醒暴走，以及绫波丽本身的人格诞生而变得能够承受，这也是林易衍为何敢就那么销毁中*央*教条区的灵魂之间中的克隆绫波丽的主要原因。
再然后，就是使徒来袭，nerv迎战，基本大家都知道的事情了。