村上武吉，来岛通总等，大名通过和这些地头蛇们合作或招安继而拥有水上作战力量；除了少数因为远洋贸易的需求而打造的远洋商船之外，剩下的船只大都是一些只适合在濑户内海相对平稳的水势中作战的方盒子而已。
这一时代倭国水师所使用的船只主要有三种，既所谓“小早，关船，安宅”，这三种船都是平底的浆船，风帆是其辅助动力，平时用帆，战时用浆。
小早基本就是十米左右，关船形式各异，但最大不会超过四十米，安宅基本是关船的火力防御加强型，尺寸差异不大。这种船只的主要结构既是在船舷竖起木板进行防御，大型船会在船底上搭建封闭式船舱，形成一种奇特的箱体结构，其主要进攻方式是弓箭，以及接舷白刃战，连火铳用的都少，就更不用说大炮了。
由于这种箱形结构和条形船体的硬伤，使得这种船只体积越大重心越不稳，抗撞击能力越差，成了一个笨拙的胖子，所以才会出现此前被李舜臣用十三艘战船追着倭国的三百余艘战船吊打的情况。
另外倭国水师直到十余年前才有大友家从荷兰人那里购买了第一门小型弗朗机，装备在船上，但是由于价格昂贵以及倭国战船的结构不具备装备火炮的条件，所以在将来的水战中可以忽视对方大