而这时，将军府这段时间来的奇怪举动，引起了大族长的好奇。他们不仅联合了水月流、甲贺忍者武技师流派和部落神殿，一起向将军府施压，要求有一个合理的解释。
这才让将军府不能不中止了继续外扩的计划，在一方面应付大族长的同时，暗中联合了赤黄神殿、伊贺忍者武技师流派，以及两大剑术流派——阴月流和神影流。
可就在这个紧要关头，那三个二流的忍者武技师流派，突然以因为大量食用瞬丸，而造成自己流派大量忍者武技师暴毙为理由。
向将军府提出了相当苛刻的要求，要求和将军府一起开发和研究瞬丸。
这种反应，顿时就引起了大将军的极度不满！
这才有了之后的故事，大将军请求伊贺流少宗主疯魔小太郎亲自出手，屠杀了这三个二流忍者武技师流派的大本营。
只是不巧的是，刚好在此时，被暗中前来赤黄部落调查突袭古桶部落内幕的蓝车佣兵团众人，刚好看到了这一幕。
在暗探了那三个二流的忍者武技师流派之后，大家理清了思绪，并将重点放在了赤黄神殿和伊贺忍者武技师流派大本营上。
一场代号为大闹赤黄神殿的特别行动，便因此而诞生了。