应许归回秦王府，立即在半夜里调兵，命长孙无忌等人带领，前往玄武门埋伏。还没有天亮，李建成、李元吉已经由张婕妤密遣内侍，知道李世民密奏的情形。
李元吉即告诉李建成说：“今日入朝，恐怕会有变，不如告病在家，不去上朝。”
李建成说：“我们内有妃嫔做内应，外有宫甲士兵做依靠，秦王虽强，恐怕也无计可施，我们不如前往上朝，探探消息如何？”
两人骑上马前往玄武门，到了临湖殿，听到高祖已经召集裴寂、萧瑀、陈叔达、封德彝、宇文士及、窦诞等人，上朝会审，彷佛摆出六部大人会审。知道情势不妙，立即奔回，想出玄武门，突然听见背后有人叫道：“太子、齐王，为何不入朝？”
李元吉回头一看，并不是别人，而是他们的冤家李世民。他们也不作答，便从弓袋中取出弓箭，接射三射，均被李世民闪过。李世民想：这两人竟是如此没用，如何能成大事？最后一箭，被李世民接住，李世民取出弓搭上箭，向李建成射去。李建成以为他是射李元吉，丝毫不防备，飕一声，竟中箭倒撞在马下，一命呜呼哀哉。
李元吉不顾李建成，两步三脚快速逃到玄武门首，当头就遇见尉迟恭，又想往回走。恰巧李世民正追着李元吉，未防