变异数据就像一个家族的人会有某种传承下来的特征，从同一个原始菌株变异出的菌株会有同样的特征。研究人员根据这一原理得出结论：鼠疫耶氏菌在中国或其附近发生变异，之后通过多种途径传播到欧洲、南美洲、非洲和东南亚，并在某个国家或地区留下该地区特有的菌种“血统”，而这种“血统”可以通过各菌种特有的单核苷酸多态性进行追踪。
通过这种方法发现，目前全美存在的626个菌株来自同一原始菌种，马达加斯加存在的82个菌株则来自另一菌种。研究人员制作了一幅谱系树图，标出从一个原始菌株开始随着时间推移发生的变异。图中显示，约728年前有一个菌种分支大量变异，与黑死病爆发时间相近。
黑死病是由鼠疫耶氏菌引起，主要是从寄生在老鼠身上的跳蚤传播到人体，患者的皮肤会因皮下出血而变黑。14世纪的黑死病爆发是人类历史上最严重的瘟疫之一，它改变了欧洲的社会结构，动摇了当时支配欧洲的罗马天主教教会的地位。
此外，鼠疫耶氏菌还引起了另外两次大规模瘟疫。一次是爆发于6世纪拜占庭帝国君主查士丁尼统治时期，持续了4个月，夺走君士坦丁堡近半人口的生命。还有一次爆发于19世纪后期的中国，当时瘟