最后，人类被机器人彻底打败。在机器人统治的时代，它们因没法从太阳获取能源，从而开发出了生物能源。机器人利用基因工程制造了许多人类，然后把他（她）们的身体当成电池，给机器人提供能源。
同时，机器大帝还制造了一套母体系统，把人类的思想接入其中，让人活在虚拟世界里，不至于死去。但人的大脑在不断进化，总会有人发现那个母体世界是假的，从而觉醒。
那些觉醒的人类躲在一个名叫锡安的地下城里，和机器人继续战斗。另一边，母体系统根据人类大脑的进化程度，也在不断升级。
在最新一代里，有一个名叫尼奥的年轻人进化程度最高，他觉醒后被锡安的人奉为救世主，担负着解放全人类的使命。于是尼奥带着一群武林高手回到母体世界，想找出破解它的办法，救出被困在虚拟世界中的所有人。
这时，母体系统的杀毒软件，史密斯特工也展开了反击。过程中它不断把母体里的其他人复制成自己，而在复制的过程中，史密斯渐渐有了自主意识，最终它由杀毒软件不断进化，变成了强大的电脑病毒。
它的目的是要感染母体世界中的所有人，再进而控制整个机器世界，这是机器大帝所万万没有预料到的。因此，机器大帝赶