而且，就在过年之后几天允熥得到研发武器机构的奏报，燧发枪已经研制成功！允熥马上就会在上直卫开始装备燧发枪，将淘汰下来的火绳枪交给外地卫所装备。
这一切，都与参谋部被创建的时候一模一样，所以允熥才下定决心对现行制度进行大变革，设立参谋部；若不是听到燧发枪发明的消息，他虽然也会进行变革，但不会规模这样大。而且他想着与其一次一次的改革，不如一步到位，直接设立四总部体制。
当然，对于此时的大明来说，军委的四总部体制比较超前，所以允熥又进行一定变化，各部的职责与军委的四总部各部职责并不完全一样，而且还单独设立了度支部，管理全国军队的财政。
另外，允熥还设立江南都指挥使司和应天行都指挥使司，将除上直卫、孝陵卫之外的军队全部由五军都督府直辖改为这两个衙门管辖。
允熥之所以这样，一是因为原来在外地各卫所上虽然有都司和行都司，但五军都督府仍然直接管辖这些卫所的一部分事物；而在他的设想中，新设立的大都督府各部不再直接管辖卫所，只管着各地的都司和行都司。这样一来，原本没有都司或行都司管着的直隶卫所就很尴尬了。所以要设立这两个衙门管理他们。