本想设立类似于税务总局的衙门，将所有收税差事都管理起来。但他在详细调查后发现，收取田税与人口统计、田地统计等密切相关，强行将收取田税的差事也剥离户部会增加收税的成本，也容易产生问题，所以收取田税的差事只得继续留在户部。
第二，对军事体系再次进行改革：改革军户制。大明的军户制类似于府兵制，但又有所不同，最显著的特点一是府兵居于乡间时并无上官，只有征召为兵时才有将领统辖，而大明的军户时时刻刻有指挥使、千户、百户等武将管着；二是府兵需轮番至京城或边关戍卫，但军户不必。前者导致军户在大明中后期极其受武将压迫，还不如奴隶；后者随着大唐的地盘越来越大导致府兵不愿当兵，大量逃亡或自残。
允熥吸取两者的优点进行改革。其一，军户虽仍是军队编制，归属大都督府管辖，但不再执行对外作战的职能，所有军户男丁只需年满二十岁后在同一省内的其他州府为守备司的兵丁三年，之后除非发生十分重大的事情才能再次征召，如同一般百姓一样；在守备司当差这三年，不必缴纳税赋，而且所有的军户都不必服徭役。自然，原本各卫所的武将也将陆续转到其他职位上。至于守备司，则是允熥新设的一个衙门，在他的构想中类似于后世的