很久以前，这个世界上根本没有查克拉这种能量，也没有忍者，人们修炼的是灵气，有巫女，法师，阴阳师，武士等等，有一些超脱人类的更高等级生命体，被称之为神 灵，比如说天照，须佐之类的，这些都是曾经真实存在的，他们守护着人类。
而同样人类和神 灵也有对手，那就是妖怪，妖怪修炼的是妖力，有强有弱，弱一些的就由人类自己来对付，这时就看出那些巫女，法师，武士这些职业的重要性，而有一些强大的妖怪，甚至是超脱妖怪的妖魔，人类根本无法匹敌，其中就有八岐大蛇，它们才是神 灵的对手人。
人类跟妖怪战得你死我活，同样作为神 灵和妖魔也是一见面就开打，本来他们或许会一直持续战下去，直到一方彻倒下，可是有一天他们却讲和了。
两大势力和平共处，或许这是很多人类和妖怪希望看到的，可是这并不是因为他们的努力换来的和平，而是因为有更强大的敌人出现了，他们必须联合起来对抗敌人。
一群来自于另外一个世界的敌人，掌握着一种名为查克拉的力量，人类和妖怪并肩作战，神 灵与妖魔齐心协力，可是他们最后还失败了，这个世界被另外一个世界奴役，成了另外一个世界生灵的苗圃，然后那些