最后人类也没有解放，只不过比过去好了一些而已，‘矩阵’与救世主达成了协议，由救世主干掉史密斯这个异端程序，而‘矩阵’停止进攻锡安，双方暂时和平了下来。
那么现在是怎么回事儿？“难道他们要联合吗？也对，可是联合之后又能做些什么呢？现实中的人类无法插手，‘矩阵’不会同意他们靠近自己的主机，而在虚拟世界他们不是自己的对手，这样做有什么意义呢？”墨菲思 考着，他想不出来对方有什么手段可以阻挡自己。
……
“墨菲斯，现在是联手的时候了，我告诉你谁是救世主，而你负责引导他，速度一定要快。”设计者面对面的与墨菲斯交谈了起来，双方需要合作，救世主的启动并不是‘矩阵’可以掌握的。
墨菲斯此时别无选择，同时他也希望可以见到救世主，两边儿一拍即合，于是尼奥的故事开始了。
‘矩阵’将尼奥的位置不断的向着外围移动着，它在努力的保证一个相对安全的区域，防止墨菲的战舰攻击到这里，这是‘矩阵’的极限了。
而墨菲并不是完全的破快，他在破快的同时也在学习，他可是不白痴，这里虽然是虚拟世界，但是一切的构建都是符合现实中的科学，比如各种建筑虽