少女的内心世界，所谓的魔女结界，即是绝望化的少女们的内心世界的演化。
沙耶加和杏子，学姐都因此而死。
之后的故事，小圆从沙耶加葬礼上回来的时候，毫无疑问，知道了全部真相的小圆，她的精神频临崩溃。
而这个时候，丘比又找了上门，它非常在乎小圆身上的庞大的能源，于是，坦诚的诉说了魔法少女的全部真相。
所谓的孵化者，是来自于宇宙中的另外一种生物，作为更高等的文明。
它们的目的是为了收集宇宙中的能源：熵！
熵是指宇宙及其所包含的文明中的能量和信息的混乱程度，在作品中是维持宇宙稳定的一种能源。宇宙的能源并非无穷无尽，如果一直不补充的话，宇宙的能源会越用越少，迟早有一天，宇宙的能源会彻底湮灭，那么整个宇宙就会陷入热寂，一切生命体都会消亡。
孵化者为了避免这个情况，它们发明能够从感情中提炼出所需的能源的技术，以此来让宇宙的能量得到补充。
可是没有感情这种东西的孵化者，却无法办到。
最终，他们通过寻找，在这个宇宙之中，找到了人类。
并且经过研究，它们发现拥有各种各样