陈宫他背叛曹公，迎接吕布进城，四周郡县皆响应，似乎有作为，然而观之，吕布何如人！吕布粗暴少亲信，刚直而又无礼，只不过是匹夫之勇罢了，陈宫等人不能相好君主。吕布兵虽然众多，但必将失败，曹公智略不世出，乃上天所授！你定要固守范县，我则守东阿，就可立田单之功，希望你好好考虑。”靳允哭着说道“我不敢怀有二心。”[5]当时氾嶷已在范县，范县县令靳允经程昱鼓励，伏兵刺杀氾嶷。
程昱又遣别骑占住仓亭津，陈宫军不能得渡。程昱至东阿时，东阿令枣祗已经率吏民拒城坚守。又有兖州从事薛悌与程昱协谋，终于守住三城，以待曹操。曹操归还，执程昱之手道：“若非程卿之力，吾无所归矣。”于是表程昱为东平相，屯于范县。
兴平元年（194年），曹操与吕布在濮阳交战，数度失利。又有蝗虫灾害，于是双方引兵暂去。袁绍于是使人游说曹操连和，希望曹操能迁居于邺城。当时曹操眼见兖州新失，军粮又将尽，计议之下正想答应袁绍要求。程昱见事，向曹操言道：“窃闻将军想遣居迁邺，与袁绍连和，有这样的事吗？”曹操说：“是的。”程昱劝谏：“我认为将军您只是一时临事而惧，否则又怎会如此不深思熟虑？袁绍据有燕、赵之地，怀并吞天下