斯王太后的摄政期间，英法敌对行动仍旧在苏格兰进行。这个时候，斯特灵城堡的南面被建造成了炮兵防御工事，这些防御工事构成了现在的外部防御的基础。
在这之前，亨利八世为了得到玛丽女王而发动的苏格兰战争进行到1547年时，玛丽女王又被带到了距离城堡约15英里约241公里外的门蒂斯湖中的一个最大的岛屿上。继而，女王被藏匿在了岛屿上的因奇玛豪姆修道院内。
值得一提的是，因奇玛豪姆修道院的这个名字来源于盖尔语的英尼斯莫尔克迈格，意思是圣科尔马格岛。1238年，苏格兰的门蒂斯伯爵出资建造了该修道院。这座修道院在以后的数百年间，十分幸运地成为了数位国王及女王的避难所。
1930年，英国著名的旅行作家莫顿在访问该岛屿和修道院时，曾写道“在湖的中间，有一个灰色的，在奇怪的阴影中升起并落下的影子。好像曾经神圣的因奇玛豪姆小岛是用湖水建造的，如同海市蜃楼一般。
这个小岛是苏格兰的圣地之一。正是在这里，我们能想到的苏格兰玛丽女王的生活，女王在这里的花园内度过了她的人生的第一次快乐时光。传说修道院内的每一个地方都贴有标签，如女王的凉亭，女王的树，女王的房间。”