阶级压迫和宗教迫害双重利刃被加在岛原百姓头上，他们无路可走，被迫铤而走险。
修道士角藏、教徒三吉全家死引起了更大的愤怒，十月二十日，岛原有马村爆发一揆，林兵右卫门家中被愤怒的农民冲进，当场打死，上千名暴民攻占藩武器库，团团包围住了松仓氏的本城——岛原城。
十月二十七日，在天草时贞带领下，天草群岛也爆发土一揆，与岛原义军遥相呼应，大量信奉天主教的浪人和武士开始加入。
至此轰轰烈烈的岛原之乱拉开了帷幕。
天草群岛乃是肥前国唐津的谱代大名大久保氏的飞地，唐津藩的代官三宅重利领兵镇压暴乱，却于十一月十四日被天草一揆打败，身首异处。天草一揆进而包围了富冈城。
得知岛原叛乱，十二月十日，幕府急调两万重兵前往围剿，这时岛原两处义军已经合二为一，他们杀死原城城主小岛五兵卫，击毙了恶贯满盈的松仓家家老，退守原城。
义军便以原城为基地，在城头竖起了十字架和“万物为一体，尊卑无区别”的大旗。
原城本为废城，但城墙土垒尚属坚固，义军据城而守，成功打退幕府两次进攻，第三次攻城时，幕府将领板仓重昌身中流弹而死