这场攻防战连续打了三天，虽然幕府军队的兵力占了绝对优势，但是面对依城而守，武装起来的义军竟然伤亡惨重，三天的时间就阵亡三万多人，义军仅阵亡两千五百多人。
面对辉煌的战果，义军越战越勇。三月三日，东王安陪经三率领本部杀出城外，兜击幕府联军后路，火烧联军粮草，幕府联军开始慌乱。
眼看形势不妙，小仓藩将领小笠原忠真首先率领本部退却，熊本藩将领细川忠利紧随其后，熊本藩是此次联军的主力，他们的退却犹如多米诺骨牌，幕府联军终于雪崩。
义军见势全军出击，幕府联军一路丢盔卸甲，大败而走。
以阵亡三千八多人的代价，击败了十一万幕府联军，斩敌四万多人，义军一时间声威大震，各地百姓纷纷来投，义军很快发展到八万人。
三月二十二日，义军包围了熊本城，熊本城是九州大城，而熊本藩也是九州的强藩，所以熊本城的守卫力量非常强大。
惨烈的熊本城攻防战打了半个月，义军由于缺乏训练，终于以伤亡一万五千人的代价攻破了熊本城。
由于伤亡太大，“天王”天草时贞下令屠城，把所有不信天主教的城民全部杀死。屠城的目的就是要抢夺财物，筹集军费