台湾海峡大败给天策军海军，郑芝龙的海上力量大损，为了恢复实力，郑家又在厦门增开了两个造船厂建造新的战船。为了避免与天策军海军的再次碰撞，郑家的海上活动大为收缩。
台湾海峡之战，天策军的火力让郑芝龙印象深刻。为了抵挡天策军可能得入侵，在郑家海上收益萎缩的情况下，郑芝龙依然投入大量资金用于陆上防御设施的建设。
郑芝龙清楚自己与天策军之间的实力悬殊，因而一方面设法寻找外援，搜罗欧洲式的船炮，一方面也竭力加强了晋江安平、厦门一带的防御。
他派人从广东设法购买了十几门最大最重的红夷大炮，修筑了炮垒，用来加强金门岛和安平的防御。
另外，还在晋江安平港的入口处设置了铁链木排，以防天策军的舰船闯入。除了在福建招募陆勇，还在澳门等地招募熟悉火器使用的黑人和日本人，购买了大量的火绳枪。
安平、厦门、金门、泉州、漳州等地在这一年多里，一直都在构筑防御工事。
此时的郑芝龙正在厦门，厦门岛是郑家的主要外贸港，当初郑芝龙多次进攻月港，焚毁街区，掳走船只，目的就是为了迫使海商们将贸易转移到厦门进行。这个岛虽不甚大，但是受外贸商业繁盛