渐趋稳定，便下旨朝中清算阉党余孽。却不料此时阉党余威犹在，虽然是皇帝亲自下旨，清算事宜办依旧办理得十分拖沓。
刑部、都察院、大理寺等机关以“东林六君子”案为重点开展调查审讯工作，前前后后搞了十几天，只以死刑一人、监禁二人、免职人——而这被判处死刑的还是已经死了的崔呈秀——的结果，上报给崇祯皇帝。
以崇祯皇帝的急躁的脾气，这样的结果岂能在他面前过关？
于是崇祯下旨，将涉及“东林六君子”案件的十个首恶之人，全部判处死刑，就连其中的兵部尚书田吉、工部尚书吴淳夫、左都督田尔耕、锦衣卫指挥使许显纯这样的高官也是毫不留情。
之前办理案件的刑部尚书苏茂相、左都御史曹思 诚等人，全部以附逆阉党的罪名罢官免职，改由大学士韩旷、钱龙锡主持重新清算阉党。
有了前任主审官的前车之鉴，韩旷、钱龙锡当然不敢怠慢，不多久之后，就拿出了一个五十多人的名单交到崇祯皇帝的龙案之上。
没想到崇祯竟还不满意，将名单发回重审，要求除恶务尽，并钦点了几个必须严加惩处的阉党的名字。
韩旷、钱龙锡一个吃过阉党的亏，一个本来就是铁杆的东林