朱植和谷王朱橞逃往南京，宁王朱权拥兵观望。朱棣单人赶往大宁拉拢宁王朱权，暗中重金勾结朵颜三卫，最终胁迫宁王朱权随他造反。朵颜三卫的骑兵成了朱棣“靖难军”骨干。再后来，朱棣登基之后，便一改藩王守边政策，辽王、谷王、宁王三王都改封到南方。此外，朱棣还将驻守和林等蒙古境内卫所的明军后撤，退后到长城防线。朱棣退缩防线，赏赐朵颜三卫等归顺蒙古部落，希望以他们作为防范北元残余力量的外围防线。
而朱棣的退缩策略，导致蒙古各部很快就开始叛乱：关外的卫所撤销，明朝失去了了对草原失去控制，因为朵颜三卫和其他蒙古人起源相同，有着千丝万缕联系。所以在明朝卫所撤离后，朵颜三卫要求在大宁卫地区驻牧，明朝的拒绝成了双方矛盾的起因。明成祖时期，朵颜三卫蒙古各部，就联合了鞑靼部首领阿鲁台，他们经常联兵进攻明朝。永乐帝后来连续三年“亲征”，曾率领军队深入屈裂儿河流域，打击支持阿鲁台的朵颜三卫。
终明一朝，原本应该为大明守边的朵颜三卫，实际就是大明的另一个敌人，虽臣服明朝政府，待遇优于其他东西两部蒙古人，瓦剌和鞑靼并立时期，兀良哈人多次依附力量比较强的一方，充当寇掠明边的帮手。明朝中期，瓦剌入侵