治和廷臣们完全了解三桂的情况，正是利用他的威望和实力来镇御更为难守的云南！
而吴三桂也没有让满清失望，他镇守云南后，全力征伐明军，很快安抚了人心，局势也日趋稳定起来。明朝李定国虽是屡战不降，但是最终其却不得不领残部撤入山林，而在走投无路之下，更有明军络绎不绝地前来昆明向吴三桂投诚归降。
吴三桂的功劳同样得到了满清的赏识，顺治和吏兵两部把云南的人事权、民政、军事、钱粮及一切事务都授给吴三桂掌管，由他直接请示顺治批准。地方官员，从总督、巡抚到各政府部门都不得干预。吏部、兵部甚至把任免官吏权也交给他，凡他提名的，吏部兵部不过履行任免手续罢了。这样，吴三桂于云南集军民政财文大权于一身，成了凌驾于地方官之上的“太上皇”，实为世祖钦定的代理人。
满清之所以对云南对吴三桂实行了特殊的政策，除此，在任何他省都无此规定。这是由于云南的特殊情况而采取的特殊政策。因为云南为“远徼重地”，又是初定，局势还不稳定，不得不由一强有力的人物掌管一切，事权归一以便应付紧急情况的出现。责成三桂掌管一切，也只是暂行办法，不是永久不变，等数年后，云南形势“大定”，各职权仍归各官负责