万历十八年)。二十七岁时，中进士。第二年，出任江西吉安府永丰县知县，已崭露政治才能。天启年间，太监魏忠贤专横跋扈，杀害正派人士。瞿式耜同情受害者，不为恶势力屈服。
1628年(崇祯元年)，任户科给事中，这种官职的设立，原意是对政府部门起一定监察作用，他觉得可以舒展抱负了。七个月里，连上二十多封奏疏，他竭力主张:“要挽回危局，必须“回本清源“，抨击还高居相位的魏忠贤余党，为被害人昭雪，扶持正气。对朝政设施，多所建树。
奏折上称这颜常武军力强大，于海外啸聚数十万人，一旦有事，则东南沿海不保！
而且台湾有米、白糖、烧酒、渔业和盐（陈泰还不知道台北出产黄金）、收海税，还与红毛番、倭人贸易，收获巨大，至少有上百万两银子的收入，甚至更多！
瞿式耜的官位卑小，却是响当当的清流，身处户部，他对于人口和财富是敏感的，知道大明需要财富应付军饷和赈灾，各地都缺银子和粮食，这台湾明明有银子，却粒米和银两都不上贡朝廷，不替朝廷分忧，实为不忠。
而朝廷中枢官员和地方大员还替他隐瞒，忒够可恶！
瞿式耜狠狠弹劾一本，让皇帝知晓台湾逆臣