机处代办军政事务，等督军回来，一一确认，所以军机处权柄重大。
但是，督军所下达的命令（不能说是旨意，因为没造反），哪怕与军机处相左（不同），亦可推行，亦即军机处无副署权。
副署权，如唐宋朝，皇帝与宰相共治天下，皇帝旨意如无宰相副署，则无实效，朝臣可以不认这个旨意，此乃皇帝自我约束，遂行兼听则明，但颜常武不会给自己找不自在，即臣下有不同意见，可以“保留意见”，但必须执行，
颜常武以东南府初创，岂可学明朝内阁、清流（明朝的各部给事中有封驳权）进行掣肘，且东南府创立是新鲜事务，遇到事务可以来“摸着石头过河”，又或者是“交学费”，反正颜大少还年轻，耗得起。
下设人事部（吏部）、战争部（兵部）、财政部（户部）、文教部（礼部）、政法部（公检法）和建设部（工部）共六个部，主官称为部长，还有一些独立的部门，如第一要紧的参谋部，有出兵权；还有首席技术官，是荷人巴伦支出任。
由于官员严重匮乏，人事部是陈衷纪管着，战争部是颜常武自管，财政部是陈和彬、文教部则是徐柏森和张小石合作（两人都是海澄人，颜大少的同乡，秀才出身，做过简体字事务），政