士的著作的禁止令为开端，全国性的颁布宗教调查寺请制度，以及以长崎为中心的九州地区的踏绘制度，1634年以来的以5人为一组的连坐制度等被实行开来。另外，为了奖励起诉人而制定的褒奖制度，以及天主教血统5代以内的类族改制等诸多方案被采用，下到全国的各个细枝末节，都实行了严格的监管制度。
此时，离江户近的藩属还好一点，对待民众温柔一些，而九州岛上的诸藩对于天主教徒实行残酷而血腥的镇压。极为残暴，天主教徒受到非人的待遇。
自宽永十一年（1634年）起，九州岛的岛原、天草地区连续发生天灾，民不聊生，民众都活不下去了，诸藩却依旧收米！
这样残暴的统治下，终于爆发了江户时代最大的一次农民起义“岛原之乱”。
强者，就是要逆天的！
倭人天草四郎应时而出，在他的领导下，起义军迅速占领岛原半岛南部的岛原城，于城上竖立起十字架，挂上画有十字架和圣像的旗帜。参加起义的岛原、天草农民达数万人。
幕府先后接到岛原、天草农民起义的消息，急派板仓重昌为幕府专使，赴九州镇压起义军。板仓到达九州后，对起义军发动两次进攻，均告失败。