常入关侵扰。这年冬天，黄台吉，就是后来建立大清的那个鞑子皇帝，率兵攻陷固安县城，大肆烧杀抢掠。
皇太极撤兵后，不法之徒又趁火打劫，固安县一片混乱。固安县紧靠京城，位置十分重要和特殊。朝廷急需派一位有魄力的官员前去善后，秦士奇因政绩突出而被选中。
秦士奇日夜兼程赶到固安县，来不及休息就投入工作。当时固安县属顺天府，据《顺天府志》记载，固安城内尸体遍野，“一入宅中，土灰满眼，腥气袭人”，秦士奇“不觉发上而泪下”。据史料载，秦士奇在固安主要做了四项工作。
一是及时安抚百姓，恢复生产。积极招抚逃亡人员，发放仓库存粮，使归乡的百姓迅速安定下来。提取埋藏的库银，酌情给发放给没牛没有种子的人家，及时恢复农业生产。同时上书朝廷免除赋税。
二是重建城防。修筑县城，加宽加深护城河。同时把青壮年的老百姓组织起来，用自己的工资招募精通武艺的人兴办团练。
三是实行枪棍执法，严厉打击犯罪行为。乱世用重典，对于实施犯罪的人员，当场枪棍责打。此举极大地威慑了不法分子，使固安县的社会秩序迅速好转。
四是重视文化教育。秦士奇向学校捐学田，