中遣人招安，蒲寿庚十二月与元朝势力正式结盟。
但是宋军不知，见蒲寿庚拒不接纳，便以船舶军资，两皆不足为由，少保张世杰逃走时强征蒲寿庚的商船，采用暴力直接抄没他的家产以充军资，抢走停泊在法石一带的蒲氏海舶400多艘。
蒲寿庚大怒，把怒气撒在定居泉州的南宋宗子身上，将泉州的三千赵宋宗室子弟全部杀光。
后来，蒲寿庚又配合元朝军队进攻广州，在广东江门崖门一带打了著名的崖山海战。在这场海战中南宋残军全军覆灭，陆秀夫背着幼主投海自尽，南宋许多忠臣及忠于大宋的人们也都纷纷跳海殉国，共计十万人左右！
而蒙元的海军，主要就是蒲寿庚提供的海船组成的，所以他们算得上是宋廷灭亡的罪魁祸首。
降元之后，元世祖授蒲寿庚为昭勇大将军、闽广都督兵马招讨使兼提举福建广东市舶。
至元十四年，进昭勇大将军，闽广都提举福建广东市舶事，改镇国上将军，参知政事。并行江西省事。至元十五年三月又升蒲寿庚行中书省事于福州，镇抚濒海诸郡。
作为一个色目人，蒲家在东方这片土地上的发展，是前无古人，后无来者，即便是后来的英国人，犹太人也都比不上