对于陈旭改组科学院的奏书，意见并不统一，始皇帝和少府官员认为目前科学院发展很好，一切都由陈旭自己说了算，没人监督干预是最好的现状，但三省六部还是有许多官员认可陈旭的说法，科学院太大太乱，的确需要改制，这些以财政署和工部户部为主，至于吏部刑部兵部的官员，基本不开口，即便是开口，他们说了也不算。
朝堂一阵吵吵嚷嚷之后，始皇帝最后还是在陈旭的坚持下同意这份改制奏书，但强调无论是少府还是工部户部，以后对于科学院的发展和投入只能加大，不能减少。
作为不偏不倚的帝王，始皇帝自然能够看得出来科学院无与伦比的重要性，任何一项研究成果，都足以改变大秦的现状，光是钢铁、水泥、织机这三项，就堪称划时代的研究发明。
第三份奏书，陈旭提请成立科学院下属的技工学校，面向全国郡县招收头脑灵活的年轻人，每个郡每年都安排一定的招生名额，开始为大秦培养正规而全面的职业技术工人。
第四份奏书，陈旭提请成立农业科学院，将农学院改制为农业大学。
农学院成立七八年，对于各种农具的改良、农作物的栽培和畜牧养殖等都积累了大量的经验，编著整理了大量的农科书籍