烧，黥为城旦。所不去者，医药卜筮种树之书。若欲有学法令，以吏为师。
从这里就可以看到出来，秦始皇真正焚的还是《诗》《书》。
《诗》，即为《诗经》，因为诗经中多赞颂历代君王，秦始皇不愿有六国遗党颂六国先王。《书》为《尚书》，因为尚书记载上古圣王的治世理念，而秦始皇自以为“功高三皇，德迈五帝”，所以要用自己的治世观念代替上古圣王的治世思想，欲厚今乃焚古。
焚书真正能够儒家有联系的，只能说，当时的儒家都在学习《诗》《书》罢了，但是除了儒家，其他百家也在学习，所以根本就是牵强附会。
至于坑儒。
《史记?秦始皇本纪》：始皇闻(侯生、卢生)亡，乃大怒曰：“吾前收天下书不中用者尽去之。悉召文学方术士甚众，欲以兴太平，方士欲练以求奇药。今闻韩众去不报，徐巿等费以巨万计，终不得药，徒奸利相告日闻。卢生等吾尊赐之甚厚，今乃诽谤我，以重吾不德也。
在秦始皇三十五年(公元前212年)，方士卢生、侯生等替秦始皇求仙失败后，私下谈论秦始皇的为人、执政以及求仙等各个方面，之后携带求仙用的巨资出逃。秦始皇知道后大怒，故而迁怒于方士，下令在京城搜查