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原探索部门，拆分为探索部门和边疆公司，一个负责对东银河的宇宙探索策略，边疆公司将会专门负责执行最有难度，最有挑战，但可能没有经济利益的宇宙探索活动，负责人依旧是索菲娅。
探索部门还将成立直属的远望协会，将民间具备探索资格的民众，开拓者，尤其是身价百亿的富翁们统一管理起来，会形成一股更加庞大的探索力量，由乔搬山兼任。
研究部门变化不大，罗素保留部长职位不变，只是会正式拆分为科学院，及下辖13个星球研究所，25家由研究部门直接控制的国家企业。
作战部门方面，考虑到军队无论何时何地都要掌握在自己手中，仅仅是做了更加细致的拆分。
原作战部门不变，萧观海保留作战部门部长不变，将会镇新地球协调各个战区，以及军队建设发展，军备采购，情报搜集等等工作，制定东银河公司的军队基本方针。
浩劫舰队与天行者舰队彻底独立，会拥有自己的驻区以及在战争期间，在战区内自主作战的权力，以及征兵，训练的次要职能。
浩劫舰队的指挥官为沈越，军衔少将，天行者舰队的指挥官为从原先群星级星舰舰长提拔上来的赵栋梁担任，军衔上校。