，还有一个学术副所长和一个行政副所长，他们分别负责科研和管理上的总职务。
行政副所长底下会有一个行政部门，主要负责人力资源、财务会计、办公事务之类的事项，铃木小姐就是行政部门底下人事部的成员。
学术副所长底下则有一个精灵科研事物部，主要是研发关于精灵的新产品，例如精灵图鉴就是科研事务部搞出来的，大木博士本身也参与了进来，当然像这种成果荣誉自然是所长这种职位享有的。
还有关于精灵的新发现、精灵的实验、精灵的观察，都是科研部在做。
以上两个部门，相关职位都要研究生以上的学位才能担任。
除此以外，还有一些其他部门。
例如，
精灵设备保障部——负责精灵设备和器材的维护。
精灵后勤保障部——负责从训练家那里传送过来的精灵的伙食、放养、睡眠等方面的照顾。
精灵科研助理部——简称炮灰部，专门陪同野外出行、精灵数据等的采集，如果研究所偶尔死几个人，那肯定是科研助理部死的人最多。
初始精灵择优部——每天研究所都要派发出50只初始精灵给各地的新人训练家，择优部的工作就