河城的修建，他已经被任命为大凌河都司之职。
大凌河之战后，陈锦降清，予世职牛录章京，加半个前程。汉军旗制定，授牛录额真。接下来，清军入关，先是为登莱巡抚，镇压山东抗清起义；随后升操江总督，作为洪承畴的副手坐镇江南；而后改浙闽总督，负责浙江、福建两省的军政事务。
出任浙闽总督以来，陈锦多次与包括郑成功、郑彩、郑鸿逵以及鲁监国系统在内的明军和各地的抗清义军作战。他组织的永历二年大举援闽和永历四年、永历五年针对四明山、舟山的攻势，更是一步步的摧毁了以鲁监国朱以海为首的浙江明军，并且一劳永逸的镇压了浙江本地的大规模抗清起义。
论能力，陈锦在清初的督抚中也算得上是出挑的了。奈何这些年他将更多的精力都用在了镇压对清廷的江浙统治威胁更大的鲁监国上面，等到他完成对浙江大规模抗清运动的镇压，再回过头关注福建的时候，郑成功已经成长为了一个比鲁监国更加棘手的对手，而且在陈凯的帮助下，如今的郑成功比历史上更加强大。
江东桥一败，凭一己之力镇压福建明军的打算化为泡影。福建本地清军，能够调用的部队本就不多，如抚标、提标这样的部队在去年都曾遭逢过惨败，战斗力尚