望遣部将贺九仪、张明志抵达南宁行在，杀阻挠永历帝册封其为秦王的兵部尚书杨鼎和，及给事中刘尧珍、吴霖、张载述等，并且逼死了内阁首辅大臣严起恒。
紧接着，永历帝任命在秦封一事中为永历朝廷和孙可望之前进行联络的云南副使，分巡金沧道杨畏知为东阁大学士，意在向孙可望示好。结果，由于杨畏知接受了阁臣的任命，孙可望视其为背叛，便派人将其擒到贵阳杀害。
孙可望在贵阳自设内阁、六部、科道等官，地方文官武将也一概自行任命，官印由明朝的九叠篆文改为八叠。架空永历朝廷，“时可望假天子名号令中外，调兵催饷，皆不上闻。生杀与夺，任意恣肆。帝在安龙，一不与闻。”
永历六年五月，孙可望在一件奏疏中说：“人或谓臣欲挟天子令诸侯，不知彼时天子尚有诸侯，诸侯亦尚知有天子。今天子已不能自令，臣更挟天子之令，以令何地？以令何人？”
永历六年，李定国攻破桂林，擒叛变的庆国公陈邦傅父子，孙可望杀之。因御史李如月弹劾其未尽永历帝而擅杀，为孙可望剥皮揎草。
在湖南宝庆府紫阳河有一株很大的树，永历七年时，孙可望观赏后封之为“树王”，树干上刻“岁癸巳秦国主”，而非永历年