石廷柱为镇海将军，统领八旗军进驻京口以加强长江的江防。
与此同时，操江巡抚李日芃也重点加强镇江附近的长江防务，以保障南京和南北漕运畅通：在镇江城外长江中的檀家洲近水处植木桩，水深处编木筏，环以铁索。在檀家洲相对的长江南北两岸和金山安置大炮。以阻截明军西上，在江南岸自镇江至圌山、北岸自瓜州至三江口更筑新堤，造木桥，以便军囦队往来巡逻。更命圌山、瓜州等四营守备，率哨船水师更番巡逻防御，以防不测。
诸多布置，无非就是为了防止二张再度杀入长江，威胁到南京和运河的安全。而这两处，也正是张名振和张煌言三入长江以来一度取得的两方面最大的战果。
但是，对此驻扎崇明的明军并没有因此而消停下来。七月初三，长江口的吴淞海面风大浪高，张名振率舰船七百余号，乘夜色于贰更时分突袭吴淞。
时，吴淞停有清廷日用千人、费时五年刚刚造成的二百余支战船，船上“器械粮饷毕具”。清廷原本计划于七月初五出征，借此驱逐崇明的明军，结果还没来得及动手，就先行被明军悉数缴获，未完工者则付之一炬。
随后，明军再度入黄浦江，在杨家嘴地方登陆，一直攻到上海县的东沟、铁链一