整容之后能披上一层和人皮没啥区别的生化外皮之外，它们还被赋予了更为高级的人工智能，思 维更复杂，想法也更丰富。
但这种第二代人造人，本质上仍然是魔像级别的东西，内部依然是由一个金属骨架支撑起来的机械人。（部分为了隐秘行动而被制造出来的二代人造人甚至会使用上更轻巧的木制躯体，但是木制躯体的耐久度较差和造价也更高，并不适合量产。）
学院制造的第二代人造人还有一个非常邪恶的分支，也就是之前说过的，采用人类小孩的灵魂制成的魔像核心。学院这个邪恶组织近年来专门诱拐非洲各地的流浪街童，把孩子们的肉体分解，只取出类似灵魂一样的东西放进特制的魔像核心里使用。这种特殊的魔像核心比其他第二代人造人的魔像核心更加精密，能够接受更为复杂的指令，毕竟里面就囚禁着一个人类的灵魂。从定义上区分，装有人类灵魂的魔像核心制成的第二代人造人，甚至可以称为第 2.5代人造人。
但学院实际上还存在着更为高级的第三代人造人。身体完全是血肉之躯，谁都没法分别出第三代人造人和真正人类之间的差别，只有学院本身知道这个秘密。第三代人造人据说是用胚胎细胞，从培养皿中培养而成。但目前为止谁都没有亲