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嘉靖三十四年，大明苦于南倭北虏之际，朝鲜也遇到了大麻烦，一支属于汪直麾下倭寇登6朝鲜，蹂躏朝鲜边防海防，肆虐数月，幸而人数不多，被朝鲜人用计打退，是为“乙卯倭变”。
朝鲜的地方军制原本采取镇管制，这种制度类似于中国的节度使，把军权下放到地方诸道，归于各巡查使，但自从乙卯倭变之后，李朝政府对道府专权心存忌惮，便把地方军队的指挥权从道府抽离了。
他们另外搞了一条独立系统，兵权被打散，归属于本道兵水使，再往上一级到助防将，再到防御使、巡边使、都元帅，层层统辖，诸道均不得干涉，也不能指挥。
说白了，其实就是在朝鲜全国范围内，行政和军队分成了两条管理线，彼此平行，谁都不必听谁的，如果有什么敌情，道府可以跟军区司令商量，两个人关系好的话，可以配合行动，但若是军区司令不搭理道府文官，那文官也一点辙都没有。
这种军政分离的制度相当先进，切实有效，把军权归于朝廷，地方政府文官不得干涉，而军队总帅都元帅是由朝鲜王亲自任命，则军权归于朝鲜王，文臣不得干涉。