愈演愈烈的同时，在朝堂阻力空前衰弱的时刻，萧如薰开始对六部动手，首当其中的是户部，萧如薰下令将户部一分为二，分为财政部和民政部，分割职能。
财政部专管税收和财政，民政部专管户籍和民政，叶向高成为财政部尚书，而民政部尚书职位暂时空缺，交给几个侍郎代为管理，谁也不知道萧如薰属意的民政部尚书是谁。
但是这些改革牵一发而动全身是一定的，萧如薰既然提出了兵役改革，显然是要对很多部门一起动手，和兵役息息相关的就是户籍，户部肯定要被动手，叶向高一点都不疑惑。
不过叶向高原本以为自己会被分管到民政部，结果却成为了财政部尚书，这让他多少有些疑惑。
此外，萧如薰设立了新的部门参谋部，将原兵部尚书刘黄裳调职为参谋部尚书，兵部的军事职能被参谋部继承，兵部剩下的职能就和后勤部门一样了，主管军事后勤及运输，即原先的武库司部分职能，和军事指挥再也没有任何关系。
除此之外，武库司的武器研发职能也被萧如薰分割出去，单独成立军工部，军工部尚书则由徐光启出任，专门负责武器研发和革新。
工部还是一如既往负责天下工程，没有改变，还增添了革新民间