后萧如薰下达圣旨斥责了西南数省巡抚办事不力，又得知安疆臣死于刺杀，大为『震怒』，遂命令军队出动，强行平息这场动乱，有敢于反抗的，直接灭掉。
隆武三年十月中旬，动乱平息了，经此一次长达五个月的动乱之后，土司们的力量受到更为严重的冲击，连续两拨削弱之后，土改工作组立刻开始了行动，全面进入西南四省。
土改行动开始了，而受到打击的土司各部对各自地区的掌控力大大削弱，连反应都没有反应过来，就被掀翻了一大波。
这次土改行动蓄谋已久，从隆武三年十一月开始，一直持续到隆武四年五月份。
连着六个月的大规模高烈度土改，在整个西南一隅掀起了从古至今就未曾有过的改天换地般的全面动乱。
西南兵团和西南数省官府经受了十分严苛的考验，因为绝望之中的土司们的反击还是挺厉害的。
西南兵团为此折损了近一千名士兵，还有三名县令为此殉职，由此，萧如薰更加明目张胆地将此次行动定义为西南平叛之役，是开国以后的第四大征。
在这场土改行动期间，从隋唐时期一直延续到如今的土司制度被彻底终结。
萧如薰借由土司造反的理由宣布土司