形势，迫使挑起战争的法国茹费理内阁倒台。刘永福返回中国后被清廷下令解散。甲午战争中黑旗军奉清政府命令重新编组，仍由刘永福率领，进驻台湾岛。后日军侵台，因战局受困，将士大多战死。
可以这么说，在这个年代，黑旗军是一支颇为有名，又极负战斗力的精锐部队。
可惜的是，黑旗军始终是一支地方性质的武装，又曾经是天地会起义军，不属于朝廷的正式武装。虽然黑旗军归附了朝廷，可是朝廷并不相信他们。除了经常克扣军饷以外，还想方设法的拆解、分散、解散黑旗军。
在高天看来，这就是一支有着强烈时代色彩，极为悲剧的军队武装！，。