中央政府发生矛盾，这主要就是治国方略不同，毕竟一边是华侨，一边是马莱，生活文化观念必然有差异。两个政府第一次发生矛盾是在1963年12月。总理李光耀批评马来西亚的年度预算案没有给予提升社会状况足够的预算。而后这冲突愈演愈烈，双边经济的矛盾在1964年12月，中央政府要求新加坡将上缴中央的税收从4成增加到6成后升温。当时马来西亚财政部长说这是因为印尼的对抗活动而导致军备预算案增加。同月，中央政府宣布将关闭新加坡的中国银行的分行，原因是中国银行在资助马来亚共产党的武装活动。
但这并不是最主要的，民族冲突才是最致命的，而种族歧视才是新加坡独立的理由，不知何时起，“马来人至上”的观念也逐渐走向了舞台的中心，非马来人的政党都公开表示反对“种族主义”的信条。而后以巫统为首的执政联盟在国会紧急通过修改宪法，以126票赞成、0票反对将新加坡驱逐出马来西亚。
在这样的冲突中，双方的高层自然备受关注，而马莱作为东南亚降师大国，马莱当时的降师被称为鬼王，马莱降师和泰国降师不一样，他们最擅长的飞降和药降，而当时马莱就曾派出当时的鬼王去给新加坡的高层下降头，而当时古安山道法高超，负责保护