不少明教的高手，也因此憋出了《九阴真经》这个玩意。后来到了元末，明教又在张无忌的带领下作为义军的中坚力量推翻了元朝，创立了明朝。后朱元章叛乱，登基后开始打压明教，迫害明教徒，之后明教消声匿迹。
而日月神教是当年笑傲江湖中第一大帮派组织，笑傲江湖的时间是明代。从时间上看，貌似明教的衰亡和日月的兴起颇能衔接的上。当年玩家之中就有传闻，说是因为明教消亡，剩余的明教高手便是组织起来，将“明”字一拆为二，化为“日月”，成立了日月神教。而总教的地盘也从西域昆仑山光明顶，移到了当今河北境内的黑木崖。如此也是为了躲避朱元璋的耳目。
只是这时候的日月神教也有了很多变化，无论是教义还是组织上都和明教大有不同。“为善除恶”的教义早已经被丢到了脑后，“千秋万载一统江湖”倒是成了响亮的口号。不过在组织上还保留了一些大同小异的东西，教主之下，均设有左右光明二使，明教有护教法王，日月神教有神教长老，明教有五散人、五行旗、各路香主，日月神教就有各路使者、坛主等等。不过历经多年波折，明教的武功倒是没有流传下来，那些乾坤大挪移、弹指神功、天鹰爪等绝学尽皆失传，吸星大法和葵花宝典等反倒是成了镇教绝学