有官司吏兵民尽行杀戮，并将大同城墙拆去5尺。大同变成一座荒城，大同废，不立官，府移治阳和卫，名阳和府。大同县移治怀仁县西安堡。直到顺治九年1652府县才复还故址，从附近移民逐渐复兴。顺治十三年1656裁宣大总督，置山西总督，驻大同。康熙四年1665裁总督，并入雁门道。雍正四年1726于右玉林卫置朔平府并废除明代卫所，改天镇卫为天镇县，阳高卫为阳高县，左云川卫为左云县，右玉林卫为右玉县，平虏卫为平鲁县。大同府治所大同县，辖浑源、应州，大同、怀仁、山阴、阳高、天镇、广灵、灵丘二州七县和丰镇厅。清末大同县辖580村，城东194村，城南177村，城西91村，城北118村。朔平府治所右玉县，辖右玉、左云、平鲁、朔州、马邑。
民国元年1912大同废府留县，大同县属北路观察使。民国2年19135月置雁门道，治大同，辖雁北13县、忻县地区13县，共26县。后晋北镇守使在大同驻扎。民国16年1927废道后，大同为县，直属山西省，县辖5个行政区，9街585村。
抗日战争时期，大同地区行政区划为三种。日伪行政区划：1937年9月13日上午，日本关东军侵占大同城，10月15日成立伪