期间，被司马聃任命为镇军大将军参军、左统军。
身为左统军的司马恬，麾下拥有一万六千多名将士，装备也非常精良。但是士兵除了拥有万余原镇军残部外，其中过半都是没有见过血的新兵。装备都是次要的，最关键的还是部队的组织能力，一支部队的组织能力强弱，就直接决定了这支部队是否能够顺利执行各种战术。尤其是那些那些高难度的战术，就是极度依赖部队的组织能力！
司马恬的能力不弱，虽然是新残参半的军队，在司马恬的指挥下也把句容这个建康东部屏障保护得严严实实。
事实上东晋的皇帝非常悲剧，能成为皇帝，不是因为血统，也不是因为能力，恰恰是谁无能，谁好控制，谁就有机会当皇帝。司马聃成为皇帝，那是因为他只是一个不足两岁的娃娃，是最佳傀儡人选。像藩王，如司马晞、司马恬之流，资质都是中上之等。
这也是东晋王朝的悲剧，司马聃其实也没有能力改变这种格局，历史上中兴名君都是非常困难的，否则怎么可能会为兴衰更替？
作为宗室仅次于司马晞的知兵藩王，司马恬也具有名将潜质，他上任左统军以来，既不在王府与众王妃欢好了，甚至连家都不回，吃住都在军营，时常与士兵聊天，和士