，就全都堆积在了巢穴中。
每隔一段距离，罗舟都能找到一些虫族的垃圾堆，在里面可以找到一些能废物利用的补给品，以此维持自己防护服的能源和子弹的补给。
在第二阶段，玩家基本上是处于完全孤立无援的状态。跟外界的通讯被切断，也无法很好地确定如何离开虫族巢穴，物资极度匮乏，而且虫族的数量完全超乎想象。
在这个阶段，游戏难度稍有提升，但并没有提升到很高的程度。没有了队友的支援，主角必须自己解决所有的麻烦，这可能会让玩家们回忆起队友的好；即使拿到了资源也无法换成物资，想要获得补给只能去翻垃圾堆，不管是子弹还是能源都必须特别节省；见到虫族也不能无脑开枪，而是要根据敌人的特点决定是要暗杀、射杀还是避开。
第二段剧情是类似于传统迷宫的构造，玩家可以自由选择路线，但最终还是会走到正确的路线上去。在成功逃离虫族巢穴之后，主角成功跟小队恢复了联络，得知虫族大军正在源源不断地发动进攻，只有找到巢穴中脑虫的位置才能遏制虫族大军。
于是主角再度返回虫族巢穴，最终炸死了藏身在地底的脑虫，非常惊险地逃出生天。
这次事件之后，主角和小队成员