正的飞船派组织隐藏得一定很深，在未来还有可能会卷土重来。所以，他在暗地里给这批冬眠的战士一份特殊的使命，就是在自己死后，也能保证星际火种计划可以顺利地推行下去。
第三阶段的内容到此为止，这个阶段算是剧情前半段的一个小高潮，电影化流程能够最大限度地激发玩家的情绪，各种大场面的营造让玩家的肾上腺素激增。在战斗中，穷凶极恶的叛军、队友负伤、爆炸和混乱的场景，等等这些元素都可以很好地调动玩家的情绪，让第二阶段被压抑的情绪得以释放。
第四阶段的内容，是罗舟冬眠结束后的剧情。
自从主角冬眠之后已经过去了数十年，等他从冬眠中苏醒过来之后，整个人类世界已经发生了天翻地覆的变化。
在冬眠中心服务人员的引导下，罗舟领到新的防护服，去军营报道。离开冬眠中心之后罗舟才发现，原来现在人类已经转入了地底，外面的世界也已经发生了翻天覆地的变化。
原本的执政官已经死去，现在的新任执政官不论是手腕还是能力都要略逊一筹，表面上风平浪静，实际上高层的局势已经是乱成一团。
罗舟原本的队员只有一名跟他一同冬眠、一同苏醒，其他的队员或者是病死，或