由于荷兰殖民者在岛上建筑了坚固的工事，再加上他们的坚船利炮，明军久攻不下。
天启四年七月，南居益令福建都司沿海各卫所调集福船战舰前往支援，开始对澎湖的荷兰殖民者发动总攻。
天启四年八月，明军兵分三路，直逼荷兰殖民者在澎湖修筑的城堡，荷兰殖民者终于不敌撤离，守将高文律等十二人被明军生擒。
经此一役，大明收复了澎湖各岛，荷兰殖民者被迫撤往东番，欧陆列强见识了大明水师的厉害，后面十余年都没再敢打大明的主意。
但是，由于明军没有乘胜追击将荷兰殖民者彻底赶出东南海域，以致荷兰东印度公司在东番站稳脚跟，逐渐垄断了大明、东瀛、朝鲜和欧陆的贸易，并勾结海盗，肆意劫掠各国商船，最终导致大明与荷兰爆发了一场堪比鸦片战争的大战。
当然，这些都是后话，暂且略过不表。
话说荷兰为破坏西班牙、葡萄牙和大明的贸易往来，早就开始勾结海盗，在东南沿海劫掠各国商船，此次在澎湖被大明水师围殴，他们自然不会坐以待毙。
为减缓澎湖方面压力，分散明军兵力，荷兰从六月份就开始联络海盗，对大明东南沿海展开了劫掠。
其中受海