这会儿郑芝龙的势力还没有急速膨胀，海盗当中大多数还是大明的子民，一通剔除之后，并没有减员太多，整体还剩下差不多两万人。
然后，张斌又命人对海盗中所有大明子民进行了筛选，会操船，操炮，操箭的留下，其他暂时编入步卒。
这一筛选，刷下来的就多了，能留在水师的海盗只剩下堪堪一万人左右。
最后就是水师的编制了，这个张斌就做的比较详细了。
游击将军俞成龙和游击将军郑成功各统帅战船两百余艘，水师官兵一万左右；
郑芝虎、郑芝豹、张冠、郑彩、杨耿、陈晖、郑兴、郑明全部提为把总，手下各分管战船五十艘，水师官兵两千余名，剩下的由游击将军直领。
另外千总和总旗海盗中提拔一部分，大部分则从福建都司各卫所抽调千户和百户充任。
这样一整编，郑芝龙貌似占了大便宜，因为所有的把总都是他原来的手下。
不过，除了郑芝虎和郑芝豹，其他人会不会听他的就不知道了，千总和总旗张斌大部分都是从永宁卫和大金所抽调的，基本上都是他和俞成龙的亲信。
水师整编就此结束了，张斌直接让郑芝龙和俞成龙将水师全部拉回中左所