洪武十四年初步建成，次年马皇后去世，就被朱元璋安葬于此，洪武二十五年，朱元璋又葬皇太子朱标于孝陵之东。
洪武三十一年，洪武皇帝朱元璋病死，与马皇后合葬孝陵，孝陵地宫随之正式启用，孝陵规模异常宏大，直到永乐三年才全部竣工。
为保卫孝陵，在朱元璋安葬马皇后的一个月内，即设孝陵卫和神 宫监长期驻守于此，孝陵卫内并设“经历司”，用于编制驻军。
起初，朱元璋挑选了五百名淮西精兵为孝陵卫，后来则陆陆续添至一卫五千六百人。
这些精兵的选择标准异常严苛，能骑马扬鞭，飞速奔驰，还要骑马跨过一道壕，越过一堵墙，并在马上开弓射箭，三箭中两箭者才为合格。
孝陵卫精兵每五年进行调整考核一次，“不能胜任者，可令其男儿承替，无男儿承替者，应侍禄回乡养老。”
和末位淘汰制一样，不能胜任的人，就可以令他们的儿子来继续帮着守陵，如果没儿子顶职的士兵，就可以领着俸禄回乡养老去了。
这就如同后世工人领退休工资一样，在此时却是孝陵卫的专属权利。
历史上，崇祯皇帝一直不知道有这样一支皇家亲军存在，孝陵卫的官兵兢兢业业的