学士，吏部尚书，内阁次辅；卢象升被任命为左都御史，文渊殿大学士，内阁次辅。这样内阁就组建起来了。接下来是六部，张慎言为礼部尚书，从监狱里释放出来的何应瑞官复原职，担任工部尚书，李国栋推荐了孙元化的长子孙和鼎为工部左侍郎，宋应星为工部右侍郎，孙和鼎和宋应星都是实干的科学家，任命他们为工部左右侍郎有利于大明科技的提升。
虽然李国栋推荐了两个只有举人功名的人担任侍郎，遭到很多官员反对，但是崇祯顶着压力给准了，内阁的钱谦益和路振飞也通过了。
路振飞担任户部尚书，立下大功的方以智和张煌言都以举人身份担任了兵部左右侍郎。
高宏图被从监狱释放之后，撤销原吏部尚书一职，降级为光禄寺卿，
李国栋考虑到孙传庭的铁面无私，推荐他为刑部尚书。
户部尚书职务，由吕大器担任。
刘宗周从监狱释放之后，为太常寺卿，杨廷麟为大理寺卿，还有其他从监狱放出来的无罪官员，也给了相应的职务。
最后李国栋站出来：“陛下，既然史阁老已经升为内阁首辅，还请陛下撤去史阁老两淮督师一职，臣愿当然两淮督师，驻守扬州、淮安，替朝廷阻拦建奴大军！