崇祯接下来的事情很多，首先要做的事情是祭拜孝陵，崇祯在孝陵前痛哭流涕，向明太祖请罪，再次正式下了一道罪己诏。祭拜过孝陵之后，就正式以大仪仗进入皇宫，并在奉天殿登基，不过不需要登基大典，他本来就是皇帝，只要正式宣布，京城从北京搬到南京就好了，然后正式在南京的龙椅上坐下。
之后比较头疼的是人事安排，崇祯南下，带回来的文官只有史可法、孙传庭、路振飞等寥寥几人，加上反正的钱谦益，从家中来投奔的卢象升等人之外，文官就没几个人了，内阁和六部都组不全，更不要说下面的各司了。
之前福王登基时候用的那些官员，目前头上还戴着从逆罪名，需要经过审讯和审判，确定没有从逆的才能用。
卢九德是太监，自然不能交给三司会审了，而是直接交给司礼秉笔太监、东厂厂督王承恩和陪伴了崇祯多年的司礼监掌印太监曹化淳处理。
曹化淳和王承恩经过了统一意见之后，直接令人把卢九德拖出去乱棍打死。
另外一个太监犯了罪的太监韩赞周，好容易留下了一条命，但是所有家产被抄家充公，并被赶去凤阳打扫皇陵。
对于朝中官员和勋贵的审判，交由三司会审，勋贵之首魏国