阳光。人类研发的母体机器人，把所有人类都关押到培养舱圈养起来。人类身上从出生开始，就被安装上了众多插头，连接着管线，当做机器人的电磁。
人类被机器人，当做能源电池圈养着。
这些被圈养的人，他们并不知道真实世界那残酷的现实，这些人类的思 维，都被投入到矩阵的虚拟世界中生存。
主角尼奥是第六个救世主，是机器人母体根据人类缺陷被选定和赋予的救世主身份。
机器人母体，准备利用救世主来清除和弥补矩阵推演过程中，出现的一系列不稳定因素。
不过中间发生了些意外，史密斯特工这机器人子程序彻底脱离母体，并拥有了类似电脑病毒的强大感染的能力，要危害到母体的存在。
最终主角尼奥用击杀史密斯为条件，与机器人母体成功和谈，让人类可以自由选择是留在矩阵世界继续当机器人的电池，还是回到残酷的末日现实世界真正的活着。
原著中，主角尼奥是用了自我牺牲的方式，让脱离机器人母体程序控制的史密斯，感染了他在矩阵中的身体。
史密斯感染尼奥后，才惊恐的发现他自身又重新与母体连接上了，他随后被母体清除掉了。