粮饷科——统辖所属各股，掌管会计出入，筹备军饷、军需、建造等事。
支发股——分管核放各军薪饷，似定发饷章程，预计来年应支饷项总数，预储战备用款，复核各饷局报销兼管会计学堂等事。
军需股——分管筹备粮草暨核发官兵服用衣履各项杂件。
建造股——分管各军驻扎应用地址，考查建造营垒房舍，核发营队应用帐篷暨杂项器具等事。
医务科——掌管拟定各军医学堂、卫生防疫、疗病治伤各办法暨升隆医官、选调兽医、筹备药料，凡关涉医务各事，随由本科随时考查。
军法科——掌管拟定军律，考查各军执法处审办案件并军狱办法，记过注册等事。
器械科——掌管考查得处制造局筹备军械等事。
军令司的职能更是明确，其司下辖运筹科、测绘科、向导科、储材诸科。开设讲武堂，培养军官。抽选各军有材有素之士担任参谋赞画。有鉴于大明内忧外患之局，运筹科再分数处，分别研习对战东奴，海贼，流寇，山匪诸贼方略。
运筹科——掌管筹备设防，参赞方略，遇有战备，筹计分配军队，救国调官弁兵丁暨各处各国紧要探报，并拟办维和各文牍等事。